La gestion quotidienne est entre les mains du directeur. Le team manager soutient le directeur dans sa mission et le remplace en son absence. Le directeur et le team manager sont assistés pour les différentes activités d'EURIDICE par le coordinateur RD&D, le responsable Exploitation & Sûreté et le coordinateur Communication. Le quality manager s'assure que le fonctionnement du GIE est et reste conforme à la norme de qualité ISO 9001:2015.
Le groupement d'intérêt économique EURIDICE est géré par ses deux membres, c’est-à-dire le SCK CEN et l'ONDRAF, par l’intermédiaire du comité de gestion. Le directeur et le team manager d'EURIDICE rapportent au comité de gestion et participent aux réunions à titre consultatif. Les membres du comité de gestion pour la période juin 2019 - juin 2021 sont les suivants :
Trois organes consultatifs conseillent le comité de gestion et soutiennent le GIE dans ses activités :
Le GIE ne dispose pas de son propre personnel. En plus du directeur, qui est nommé par l'ONDRAF, la plupart des membres de l'équipe font partie du personnel du SCK CEN. La note d'organisation décrit les tâches et les rôles du personnel déployé en vue d'une coopération intégrée et coordonnée. Ensemble, ils forment l'équipe EURIDICE, composée d'une quinzaine de personnes.