La gestion quotidienne est entre les mains du directeur. Le team manager soutient le directeur dans sa mission et le remplace en son absence. Le directeur et le team manager sont assistés pour les différentes activités d'EURIDICE par le coordinateur RD&D, le responsable Exploitation & Sûreté et le coordinateur Communication.
EURIDICE est géré par ses deux membres, c’est-à-dire le SCK CEN et l'ONDRAF, par l’intermédiaire du conseil d'administration. Le directeur et le team manager d'EURIDICE rapportent au conseil et participent aux réunions à titre consultatif. Les membres du conseil pour la période juin 2021 - juin 2025 sont les suivants :
Trois organes consultatifs conseillent le comité de gestion et soutiennent EURIDICE dans ses activités :
EURIDICE ne dispose pas de son propre personnel. En plus du directeur, qui est nommé par l'ONDRAF, la plupart des membres de l'équipe font partie du personnel du SCK CEN. La note d'organisation décrit les tâches et les rôles du personnel déployé en vue d'une coopération intégrée et coordonnée. Ensemble, ils forment l'équipe EURIDICE, composée d'une quinzaine de personnes.